Первой линией обороны против инфекционных агентов служат эпителиальные клетки (табл.23).
Механическая защита, осуществляемая эпителием, образует границу между внешней и внутренней средой организма (табл. 24). В эпителии отсутствуют межклеточное вещество и кровеносные сосуды, он непроходим для большинства патогенов. Помимо клеток эпителия в эпителиальном пласте находится большое количество резидентных клеток иммунной системы и клеток, осуществляющих вспомогательные функции. Многочисленные секреторные клетки вырабатывают вещества различной химической природы. Так, например, в кишечнике функционально схожие с нейтрофилами клетки Панета под воздействием бактерий или бактериальных антигенов секретируют антимикробные пептиды (дефензины, лизоцим и фосфолипазу A2) в просвет кишечной железы, тем самым способствуя поддержанию желудочно-кишечного барьера.
Отдельная популяция клеток, инициирующая иммунные реакции слизистой оболочки, мультискладчатые клетки (М-клетки). За счет своих особенностей (не секретируют слизь или пищеварительные ферменты и имеют более тонкий гликокаликс) они за счет эндоцитоза и/или фагоцитоза, и/или трансцитоза переносят микробы и частицы через слой эпителиальных клеток и доставляют их к антигенпрезентирующим клеткам, интраэпителиальным макрофагам и лимфоцитам.